ارتبكت الكنيسة والمجتمع القبطى السكندرى سياسياً، عقب رحيل قداسة البابا شنودة الثالث، بابا الإسكندرية، بطريرك الكرازة المرقسية، خاصة فى هذا التوقيت الحرج قبيل انتخابات رئاسة الجمهورية والتى ينافس عليها التيار الدينى بقوة بأكثر من مرشح على الرغم من إعلان قيادات الإسلاميين فى وقت سابق بعدم الدفع بمرشح يمثلهم فى الانتخابات الرئاسية المزمع عقدها فى مايو المقبل وهو ما أثار نوعاً من القلق بين الأقباط لتخوفهم من عدم الحفاظ على مدنية الدولة التى يسعى إلى تطبيقها مختلف القوى السياسية والليبراليين جميعاً. ومما لاشك فيه أن الإسكندرية تتميز بأنها تعتبر مركز ثقل لمختلف التيارات الدينية، فبجانب أن الكرسى البابوى الرئيسى مقره الكنيسة المرقسية بالإسكندرية فهى أيضاً تضم قيادات التيار السلفى والإخوانى بها وهو ما يشعل المعركة الانتخابية الرئاسية بمختلف أرجائها وضواحيها وعليه فقد نجد أن عروس البحر ستشهد أكبر حشد لمرشحى التيار الإسلامى مقابل تحركات واسعة للمرشحيين الليبراليين والمدنيين داخل الكنائس التى تشتت قواها عقب رحيل البابا شنودة الذى كان بمثابة صمام أمان ورمانة ميزان فى مثل هذه المواقف حيث عكف كل مرشح على التقرب لبعض الكهنة والقساوسة من قيادات الكنيسة بالإسكندرية لجذب أكبر عدد من المرشحين الأقباط ناحيته، سواء بإجراء المقابلات المباشرة مع نيافاتهم أو عن طريق أنصار حملته الانتخابية. وإذا تذكرنا الأيام الأخيرة من عمر قداسة البابا شنودة سنجد أن موقفه واضح بالنسبة لمرشحى الرئاسة، فالبابا لم يدعم أحداً ولم يعط أى تعليمات للكهنة والقساوسة لدعم مرشح معين، ولكنه بالطبع كان يميل للمرشحين الليبراليين وهذا كان واضحاً جلياً فى إستقباله لكل من المرشحين المحتملين للرئاسة عمرو موسى أمين عام جامعة الدول العربية السابق والفريق أحمد شفيق رئيس مجلس الوزراء الأسبق وهما آخر مرشحين أجرى قداسته معهم مقابلات خاصة بمقر البطريركية وإن كان وقتها لم يعلن فيه اللواء عمر سليمان، نائب رئيس الجمهورية السابق، الملقب بـ«الجنرال» ترشحه للرئاسة.