تباينت ردود أفعال الكنائس المصرية والمفكرين والنشطاء الأقباط على قرار تعيين الدكتور سمير مرقس والدكتور رفيق حبيب ضمن الفريق الرئاسى، فبينما رحب البعض بهذه الخطوة واعتبروها خطوة فى طريق «المواطنة الكاملة»، فيما اعترض البعض الآخر عليها بدعوى أن «مرقس» و«حبيب» لا يمثلان عموم الأقباط.

وعبر الأب رفيق جريش، المتحدث الرسمى باسم الكنيسة الكاثوليكية، عن سعادة الكنيسة باختيار «مرقس», نظراً لكفاءته وإسهاماته المتعددة فى مجال المواطنة، مشيراً إلى أن اختياره جاء لكفاءته وكذلك لكونه قبطياً.