ارتبط فتح ملف هجرة الأقباط مع كل أزمة سياسية يتعرضون لها ، فبدأت موجة الهجرة الأولى لهم إلى أمريكا وأوربا وأستراليا ، بعد أن أضيروا من قرارات التأميم والاستيلاء على أراضيهم فى قانون الإصلاح الزراعى بعد ثورة يوليو 1952 ، تم تكررت هجرة الاف منهم مع كل صدام يحدث مع السلطة فى عهد الرؤساء الثلاثة " عبد الناصر والسادات ومبارك " ، كانت اخر موجة للهجرة قبل ثورة 25 يناير فى أحداث الكشح والقديسين بالإسكندرية والعمرانية ، ثم جاءت أحداث ماسبيرو ، لتزيد من أعداد المهاجرين ، خاصة إلى الولايات المتحدة الأمريكية ، والبالغ عددهم وفقا لأخر الإحصاءات الصادرة عن مكتب المخابرات الأمريكية 900 ألف قبطى .. إلا أنه ومع تقلد الإسلاميين للحكم وهيمنتهم على مؤسسات الدولة تضاعفت مخاوفهم ، ليصبح عدد المهاجرين منذ مارس الماضى 100 ألف قبطى ، وجميعها أرقام غير مؤكدة وتستخدم للترويج الاعلامى والاثارة السياسية .