منذ عام 2006 تقريباً، والجدل مستمر حول كنيسة مار مرقس الأثرية بمدينة رشيد من خلال المستشار محمد مصطفى كامل تيرانلي الذي ذكر تنازل بطريرك الروم عن الكنيسة له، وقد صرح الأنبا باخوميوس (مطران البحيرة والمدن الخمس الغربية وشمال أفريقيا) حينذاك بأن المطرانية التي يشرف عليها تملك في حوزتها أوراق تلغي ما يمتلكه المستشار تيرانلي، حيث أرسل البطريرك ثيودورس الثاني خطاب إلى محكمة شمال رشيد بتاريخ 28 مارس 2007 جاء في مضمونه أن عقد البيع الابتدائي المؤرخ بتاريخ 5 مارس 1990 والذي حصل عليه المستشار محمد تيرانلي من البطريرك الراحل للروم الأرثوذكس بقيمة 100 ألف جنيه مقابل شراء قطعة أرض ومباني وعقاراً متهدماً و14 محلاً مستأجرة بمساحة إجمالية ألف متر من بطريركية الروم الأرثوذكسية بالإسكندرية اليونانية الجنسية وكانت تمتلكه من قبل وزارة الأوقاف المصرية بموجب العقد الرسمي؛ لا يمكن التصرف فيه بالبيع لأنها أرض وقف لا يمكن التصرف فيها، ولذا قامت الكنيسة برفع دعوى بطلان عقد البيع الابتدائي وحفاظاً على المقدسات والمكان كقيمة تاريخية والالتزام برد المبالغ للمشتري ودفع التعويض المناسب له. وهو ما يعني أن خطاب الأنبا ثيودورس الثاني يلغي التنازل الذي تقدم به البطريرك الراحل سابقاً.