أعربت الكنائس المصرية عن ترحيبها بقرارات القوات المسلحة بعزل الرئيس السابق محمد مرسي, مؤكدة تأييدها لخارطة الطريق, التي أعلنها القائد العام للقوات المسلحة, الفريق أول عبد الفتاح السيسي, لنقل السلطة, حيث قال سكرتير المجمع المقدس للكنيسة الأرثوذكسية, الأنبا رفائيل , في تعليقة على قرار عزل مرسي, "شكراُ لله, رجعنا لبعضنا, هذه هي مصر الحقيقية". وكتب أسفق الشباب, الأنبا موسى, خطاباً بخط يده, حصلت "الشروق" على نسخة منه, "الف مبروك لمصر, فرحة مصر, وحدة مصر, مستقبل مصر, فالوطن كله كان ممثلا في المشهد بجوار الفريق السيسي, فضيلة شيخ الأزهر, وقداسة البابا, ورموز مصر الوطنية, وجميل حضور الشباب في المشهد بطريقة واضحة ", ثم ختم خطابه "يا رب بارك بلادنا , واحفظها من كل سوء".