يرقد جثمان البابا شنودة، فى مزار خاص بـ«دير الأنبا بيشوى»، فى وادى النطرون، حيث اختار مكانه، وكأنه حتى اللحظة الأخيرة، يؤكد للرئيس الراحل أنور السادات، أن قرار تحديد إقامته فى وادى النطرون، لم يكن اعتقالا، بل شرفا يتباهى به، لرفضه أن يكون الأقباط سببا فى تأكيد الاحتلال الإسرائيلى لفلسطين، حال قوله: «حج الأقباط للقدس، بمثابة حلم يتمناه كل قبطى، لكن عذرا سيدى الرئيس، لا أستطيع الموافقة على ذلك»، ليعاقبه السادات بإصداره قرارا بتحديد إقامته، فى وادى النطرون، ليعيش مرحلة صدام حقيقى بين الدين والسياسة؛ لكنها فترة اعتقال لم تطل أكثر من ١٦ يوما، بسبب اغتيال السادات، بعد ١٦ يوما من القرار، وأُفرج عنه، حال تولى حسنى مبارك الحكم، خلفا للسادات.