أصدر الإمام الأكبر أحمد الطيب شيخ الأزهر الشريف، قرارًا بندب د. محيي الدين عفيفي أمينًا عامًا لمجمع البحوث الإسلامية.
هذا وقد كلفه بإعداد خطة عاجلة للوعظ والإرشاد والانتشار الأوسع للقوافل الدعوية، والتنسيق مع وزير الأوقاف، بما يسهِم في ضبط الخطاب الدعوي ومواجهة الأفكار المنحرفة والمتطرفة. كما كلفه بمراجعة ملفات المبعوثين من الأزهر إلى الخارج ومتابعتهم، وإمدادهم بالخطط الدعوية وفق منهج الأزهر الوسطي.
من جانبه أكد عفيفي على بذل الجهد لتحقيق ما سبق، وإعداد الكتب الثقافية والدينية التي تخاطب كل المستويات بفكر الأزهر الوسطي.