قرر المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية فى الاجتماع الأول عقب الانتهاء من مراسم جنازة البابا شنودة الثالث - إعلان الأنبا باخوميوس مطران البحيرة بشكل رسمى قائم مقام بأعمال البطريرك باعتباره أقدم الأساقفة فى الكنيسة من حيث الرسامة كأسقف طبقا للائحه انتخاب البطريرك ، كما تم اختيار الأنبا باخوميوس ليكون متحدثا رسميا باسم الكنيسة القبطية الأرثوكسية ومجمعها المقدس وله كل الحق فى تفويض أى شخص للتحدث نيابة عنه.